生物学 BIOLOGY

作图神器PowerPoint:三角瓶

2016-03-22 gaoch
ℙowerPoint其实是一个作图神器,加上一点技巧,加上一点耐心,可以作出高水平的科技图片。 PowerPoint 2010版本以后,隐藏了一个“强悍的形状工具”,使得我们可以通过烧脑想想,动手作出很多实用的形状来。打开方法在这里:百度经验 […] 如下图所示,便是绘制一个三角瓶的主要步骤。 很好很强大,是不是? 阅读全文 →

fastq format – sra format

2012-08-21 gaoch
𝕗astq格式与fasta格式相同的一点在于它们都是文本格式,不同之处在于前者提供了测序质量等更多的信息,而后者仅仅能提供序列(前者也提供序列)。 […] FASTQ format is a text-based format for storing both a biological sequence (usually nucleotide sequence) and its … 阅读全文 →

生物信息学中的 SAM 格式介绍

2012-08-16 gaoch
𝔽ollowing is a brief description of the SAM format as output by bowtie when the -S/–sam option is specified. For more details, see the SAM format specification. When -S/–sam is specified, bowtie … 阅读全文 →

处理设计引物时候的PRIMER_ERROR=Missing SEQUENCE tag错误

2011-09-21 gaoch
————————————————————————————————————- 我先前曾经写过一个设计RT-PCR引物的脚本,当初运行良好,所以把它给分享了出来(在这里)。最近又用发现会有错误,“Missing SEQUENCE tag”,经过分析,最终解决了这个问题。 方法如下: [cc lang=’bash’]sudo gedit … 阅读全文 →

使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树

2011-07-20 gaoch
𝔹ioEdit是一个功能很强大的生物学软件,整合了很多常用的生物信息工具。如:多序列比对,质粒图谱的绘制,查看DNA序列的酶切位点等等。 使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。(另请参考:进化树大杀器MEGA的使用) 首先,打开序列。我们这里是一个含有6个蛋白质的Fasta格式的文件。如下所示: 然后从菜单中选择“ClustalW多序列比对”,会弹出下一个对话框,设置一些程序运行的参数。 … 阅读全文 →

紫外线灯管(紫外线杀菌灯)的构成和原理

2011-07-17 gaoch
紫外线灯管的构成和原理 紫外线杀菌灯(UV灯)实际上是属于一种低压汞灯,和普通日光灯一样,利用低压汞蒸汽(<10-2Pa)被激发后发射紫外线。 不同的是日光灯的灯管采用的是普通玻璃,254nm紫外线不能透出来,只能被灯管内壁的荧光粉吸收后激发出可见光。如果改变荧光粉的成分和比例,它就可以发出我们通常所见的不同颜色的光。 **1、发光原理。**紫外线光在水银放电管中产生。水银放电管是包含两个电 … 阅读全文 →

Biological DataBases: NCBI与SwissProt

2011-04-18 gaoch
人们使用数据库管理数据,对于生物数据来说,一个优秀的数据库有以下优点: 然而,生物数据的迅速增大,带来很多问题: 相对来说,NCBI收录生物数据时力求完整不遗漏,所以数据库内容是冗余的,有很多重复性条目,无意义条目。 与之相对的,SwissProt数据库则力求注释完整,在收录数据会进行合并和归档,以保证量不重复。 阅读全文 →

抗结核新药研发进程

2011-02-17 gaoch
在2011年1月的Nature上,总结了抗结核新药的研发进程。已经有个别药物进入III期临床试验,相信快要面世啦。 Koul, A., Arnoult, E., Lounis, N., Guillemont, J. & Andries, K. The challenge of new drug discovery for tuberculosis. Nature 469, 483-490 … 阅读全文 →

beta半乳糖苷酶活性测定

2011-02-16 gaoch
试验原理 如图所示,糖苷酶水解底物无色ONPG,生成黄色产物,通过测量吸光值,可以得出糖苷酶的活性。 所用试剂 Z buffer, per 50 mL: * O.80g Na2HPO4.7H2O (0.06M) * 0.28g NaH2PO4.H2O (0.04M) * 0.5 mL 1M KCl (0.01M) * 0.05 mL 1M MgSO4 (0.001M) * 0.135 mL b … 阅读全文 →

Perl LWP:从“国家地理每日图片”到“Cell最近一期的封面”

2010-12-08 gaoch
在网上看到了一个从国家地理杂志网站下载每日图片的Perl程序。因为网站改版,脚本已经不能正常运行,经过修改后,经测试可以将每日图片下载到当前目录,代码如下: #!/usr/bin/perl # author: # Seraphxby # Purpose: # 查看国家地理每日图片的Perl脚本 # history: # v0.1 first draft # 2010-12-8 modified … 阅读全文 →